Il Malawi è una democrazia multipartitica dal 1994. Secondo la costituzione del 1995, il presidente, che è sia capo dello stato che capo del governo, viene nominato per elezione diretta a suffragio universale ogni 5 anni. Il presidente può nominare un vicepresidente, che deve appartenere a un diverso partito politico. I membri del gabinetto presidenziale possono essere scelti liberamente dal presidente. L'Assemblea Nazionale ha 193 posti, tutti eletti direttamente con carica quinquennale. La costituzione prevede anche un Senato di 80 posti, che dovrebbe rappresentare i diversi distretti geografici e i gruppi con interessi speciali (per esempio donne, giovani e disabili) ma al momento questa istituzione non è stata ancora creata.

La costituzione prevede un sistema giuridico indipendente, basato sul modello inglese, con corti di primo livello, una "alta corte", e una "corte suprema d'appello". L'amministrazione locale conta 28 distretti, con governatori nominati dal governo centrale. Nelle prime elezioni locali (tenute nel 2000), l'UDF ha vinto nel 70% dei seggi.

Le terze elezioni presidenziali e parlamentari, pianificate per il 2004, furono posposte di due giorni a seguito di un appello all'Alta Corte da parte dell'opposizione, che denunciò irregolarità nelle procedure di voto. Ciononostante, le elezioni si svolsero in modo pacifico.