In Malawi sono stati ritrovati resti di ominidi e artefatti di pietra che risalgono a oltre un milione di anni fa. Le zone circostanti il lago furono abitate da popolazioni preistoriche fra i 50000 e i 60000 anni fa. Dai ritrovamenti di ossa, databili circa all'anno 8000 a.C., si può dedurre che le caratteristiche fisiche delle popolazioni locali fossero simili a quelle delle etnie che abitano oggi il corno d'Africa.

Sebbene i portoghesi siano certamente giunti in questa zona già nel XVI secolo, la scoperta "ufficiale" del lago Malawi e delle zone circostanti è attribuita a David Livingstone, che risalì il fiume Shire fino al lago nel 1859. In seguito, la chiesa presbiteriana scozzese stabilì nella zona alcune missioni, tra l'altro allo scopo di contrastare la tratta degli schiavi diretti al Golfo Persico (questo commercio continuò tuttavia fino al XIX secolo). Nel 1878, un gruppo di commercianti, soprattutto provenienti da Glasgow, fondarono la African Lakes Company (Compagnia dei Laghi Africani), che riforniva i missionari. Altri europei raggiunsero la zona per commerciare, cacciare, e coltivare.


Nel 1891, gli inglesi fondarono il protettorato dell'Africa Centrale Britannica (British Central Africa) e, nel 1907, il protettorato di Nyasaland (Nyasa è la parola Yao per "lago", e uno dei nomi con cui venne battezzato il lago Malawi, che ancora oggi viene chiamato anche Nyasa o Niassa). Gli inglesi mantennero il controllo della regione per tutta la prima metà del XX secolo, opponendosi ai numerosi tentativi dei locali di ottenere l'indipendenza. In questo periodo, si formò una elite africana di persone che avevano studiato in scuole europee e statunitensi; dalle prime associazioni nacque, nel 1944, il Nyasaland African Congress (NAC).

Nel 1963, il Nyasaland divenne parte della Federazione di Rhodesia e Nyasaland, insieme alla Rhodesia del Nord e del Sud. Questo mutamento politico non fece che acuire le spinte indipendentiste del paese. Nel 1958, il dottor Hastings Kamuzu Banda (che aveva conseguito la laurea in medicina negli Stati Uniti al Meharry Medical College di Nashville, Tennessee, nel 1937, e aveva poi praticato medicina nel Regno Unito e nel Ghana) tornò nel Malawi e divenne leader del NAC, trasformato poi in Malawi Congress Party (MCP). Nel 1959, Banda fu recluso nella prigione di Gwelo a causa della sua attività politica; rilasciato nel 1960, partecipò alla conferenza costituzionale a Londra.

Il 15 aprile 1961, l'MCP riportò una vittoria schiacciante alle elezioni per il consiglio legislativo, acquisendo anche il controllo (non ufficiale) del consiglio esecutivo e governando di fatto il Nyasaland per un anno. Nel 1962, il governo britannico acconsentì a concedere l'autogoverno al Nyasaland.

Banda divenne primo ministro il primo febbraio del 1963, sebbene gli inglesi controllassero ancora il sistema finanziario, la sicurezza, e il sistema giuridico del paese. La nuova costituzione del maggio 1963 sancì la completa indipendenza del paese. La Federazione di Rhodesia e Nyasaland fu sciolta il 31 dicembre del 1963, e il 6 luglio dell'anno successivo il Malawi divenne membro indipendente del Commonwealth. Due anni dopo, il Malawi adottò una nuova costituzione divenne uno stato a partito unico, con Banda come primo presidente.

Nel 1970, Banda fu dichiarato presidente a vita del MCP, e nel 1971 presidente a vita del Malawi. L'ala paramilitare dell'MCP (i giovani pionieri), contribuirono a tenere il paese in uno stato di regime autoritario fino al 1990. Le pressioni da parte delle chiese del Malawi e della comunità internazionale portarono a un referendum con cui, il 14 giugno del 1993, gli abitanti del Malawi votarono a favore di un regime democratico multipartitico. Le prime elezioni libere si tennero il 17 maggio del 1994, e portarono alla vittoria dello United Democratic Front (UDF) di Bakili Muluzi, coalizzato con la Alliance for Democracy (AFORD). Muluzi fu eletto presidente. La coalizione si sciolse nel 1996, ma Muluzi e diversi dei suoi rimasero al governo. Muluzi (che nel 1995 fu insignito di una laurea honoris causa dalla Lincoln University del Missouri) scrisse una nuova costituzione cancellando i privilegi residui dell'MCP.

Le seconde elezioni democratiche si tennero il 15 giugno del 1999, e portarono alla rielezione di Muluzi, contro una nuova coalizione costituita da MCP e AFORD.

Nelle elezioni del maggio 2004, il candidato alla presidenza dell'UDF, Bingu wa Mutharika, sconfisse il candidato dell'MCP. Nonostante l'UDF non avesse conquistato la maggioranza dei seggi in Parlamento, l'UDF formò un "governo di unità nazionale". Nel 2005, Bingu wa Mutharika lasciò l'UDF, ufficialmente a causa di una significativa differenza di vedute soprattutto rispetto alla campagna anti-corruzione iniziata dal Presidente.